In seguito, Federico II, dapprima ossequioso verso la Santa Sede, e divenuto poi nemico quando il papa iniziò a difendere la libert della Puglia, della Sicilia e dei Comuni Lombardi, conquistò la Puglia nel 1220, difeso e spalleggiato dai Saraceni. Cre a Lucera una roccaforte dei musulmani, ai quali concesse ampi diritti.
Ad Alberona essi ebbero facolt di servirsi della legna dei boschi. Ma ad Alberona vigilavano i Templari, un Ordine Religioso di Cavalieri. Federico II, non potendo attaccare direttamente il Papa, pose le mani sui beni degli Ordini Cavallereschi, confiscandoli (1239); anche i Templari seguirono la stessa sorte.

Succeduto a Federico II, re Manfredi don Alberona ad un suo cameriere, Amelio de Molisio. Questi,durante una permanenza a Barletta, aveva abusato di una sua popolana. Il re, fattolo imprigionare,lo obbligò a sposare la giovane, assicurandogli un premio se avesse obbedito. Amelio sposò la giovane e il re gli donò "Alvarona in Capitanata". Non passò molto tempo e i Cavalieri riebbero il loro feudo. Con una lettera del 1297 Carlo d'Angi ordin al Capitano di Lucera di far rispettare il possesso dei Templari su Alberona.

Periodo Angioino Conquistata Napoli, Carlo I aveva iniziato una riforma generale del Regno. Trasferì la capitale da Palermo a Napoli; estromise dalle cariche pubbliche gli svevi, sostituendoli con impiegati francesi. Invitò trenta famiglie di Marsiglia a trasferirsi a Lucera, offrendo loro 45 eminate di terreno da seminare, 3 eminate per piantarvi vigneti e orti e la facoltà di servirsi della legna, sia secca da ardere, sia verde per costruzioni,dal bosco di Alberona. Ma i Marsigliesi, scesi nel Tavoliere, non sopportarono l'impossibile convivenza con i musulmani, per cui preso lasciarono Lucera per trasferirsi sui monti di Alberona, in parte a Celle e Faeto,in parte a Volturara. Il re, deluso per l'insuccesso, ordin a Giovanni Pipino di Barletta di distruggere la città di Lucera. Ci avvenne dal 15 al 20 agosto 1300.

Sui ricchi possedimenti dei Templari, al termine delle Crociate, si appuntarono gli occhi del re di Francia Filippo il Bello. Questi rese difficile la vita di quei Cavalieri. Infatti per riuscire ad impossessarsi dei loro beni,tentò ogni mezzo contro di loro, anche la calunnia, le torture, le carceri, i processi falsi. Papa Clemente V affidò la questione all'esame e alla decisione del Concilio di Vienna (1312), che stabilì (sopratutto per le pressioni del re) che l'ordine fosse soppresso. Quanto ai loro beni, il Papa volle che continuassero a servire all'originario scopo caritativo e ne affidò la proprietà e l'amministrazione all'Ordine Cavalleresco dei Cavalieri di "San Giovanni",detti poi comunemente "di Malta". Fu così che Alberona passò subito come feudo ai Cavalieri di Malta, con sede a Barletta, che lo tennero fino alla soppressione napoleonica delle baronie e dei diritti feudali (1809).

Intanto si accendevano lotte sanguinose nel Regno di Napoli. L'ascesa al trono di Giovanna I (1343 - 1382), giovane,bella, colta, dissoluta e noncurante dello Stato, port il Regno allo sfacelo generale. La regina fortificò i Casali del Subappennino perch servissero da vigili scorte dei centri della pianura.

Le cose non cambiarono neppure con l'avvento di Giovanna II (1418), detta "Giovannetta". Alberona divenne un "Castrum",ossia un casale fortificato, con una guarnigione di soldati. Fu cinta di mura. Alfonso I, re di Napoli, adottato dalla regina,inizi delle riforme contro le quali il popolo esplose violentemente. Il gran Priore di Barletta, Andrea da Candida,di Lucera, all'indomani della sua elezione, chiese alla regina di obbligare i vassalli e il popolo di Alberona a giurargli obbedienza: ci che la regina fece con decreto del 1428. Nella guerra tra Alfonso e Renato d'Angi, scoppiata tra i due contendenti al trono alla morte di Giovanna (1440), Alberona si schier in favore di Renato.
Ma la sorte favor Alfonso, il quale, espugnata Troia, pass a punire e distruggere i fortilizi del Subappennino,tra i quali anche Alberona.

Dal '500 al '700
Nei secoli XVI e XVII Alberona fu funestata da gravi disagi e calamit. Apre la serie un processo intentato contro l'Università dal Marchese di S.Marco la Catola, per le lungaggini burocratiche e per le spese incise notevolmente sull'erario del Comune. Si aggiunse poi l'esosità del fisco del Regno di Napoli, che impose insostenibili tasse per far fronte alle guerre contro la Francia e contro i pirati dell'Adriatico. Ne fu affidata la riscossione ad esattori privati senza scrupoli.

Sorse, poi, la cosiddetta "Questione Ecclesiastica". Agli Ordini Religiosi Cavallereschi era concessa l'esenzione dalla giurisdizione vescovile, per cui essi e i loro feudi dipendevano direttamente dalla Santa Sede. Per questo privilegio i loro feudi venivano denominati "Terrae Nullius", ossia di nessuna diocesi. Anche Alberona fu esentata dalla giurisdizione dei vescovi viciniori. Gli ordini cavallereschi nei loro feudi si adoperavano con zelo al bene spirituale
dei sudditi. Ma si verificavano qua e là degli abusi e delle indolenze. Per ovviare a questi inconvenienti, sia Pio V che il Concilio di Trento, stabilirono che i vescovi avessero poteri ispettivi sui viciniori feudi degli ordini cavallereschi.
Su Alberona toccava ai vescovi di Volturara effettuare le prescritte ispezioni. Per alcune decine di anni nessun vescovo,
per, and ad Alberona. Solo dopo il 1650 le ispezioni iniziarono ad opera di mons. Marco Antonio Pisanelli, vescovo di Volturara. Il popolo e l'Università si mostrarono contraddetti e viva fu la loro opposizione. Il gran Priore reclama Roma più volte. Infine la questione ebbe un epilogo gravissimo: mons. Pisanelli scomunicò gli alberonesi.

La peste di cui parla il Manzoni nei Promessi Sposi si fece sentire pesantemente ad Alberona. Scoppiata a Napoli nel 1656, si diffuse rapidamente in tutto il Regno, favorita dalle condizioni igieniche e dalla miseria delle popolazioni.
Il numero delle vittime fu incalcolabile: ad Alberona dal 9 agosto al 10 novembre 1656 i morti furono 384. Le fosse funerarie delle 4 chiese, allora esistenti, presto furono piene e fu necessario chiedere al re di Napoli il permesso di seppellire i cadaveri nel suolo antistante la Chiesa parrocchiale.

La questione ecclesiastica fu risolta, prima col passaggio di Alberona alla diocesi di Volturara e poi, con la soppressione di questa, alla diocesi di Lucera, dalla quale attualmente dipende.